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GitHub - LiZikun/awesome-R: A curated list of awesome R packages, frameworks and software.

Awesome R 中文版(ZH_CN)

Awesome

这里有很多非常不错的R包和工具. 该想法来自于awesome-machine-learning.

这里是包的导航清单，看起来更方便 https://awesome-r.com

heart

for [Top 50](https://github.com/rstudio/RStartHere/blob/master/top_downloads_2016/top_packages) CRAN downloaded packages or repos with 400+

star

Integrated Development Environments

集成开发环境

Syntax

改变你使用R方式的包

  • magrittr heart - 一个R语言高效的管道操作包.
  • pipeR - 多泛型管道的实现.
  • lambda.r - R语言中函数式编程和简单的模式匹配.
  • purrr - 一个高级函数编程语言包.

Data Manipulation

数据处理相关的包

Graphic Displays

Packages for showing data.

  • ggplot2 heart - 强大的绘图统计和计算图形系统的实现.强烈推荐.
  • ggfortify -一个ggplot2(流行的统计软件包)统一的接口(使用一行代码即可).A unified interface to ggplot2 popular statistical packages using one line of code.
  • ggrepel - 排除重叠的文本标签.
  • ggalt - ggplot2额外的坐标系统,几何和统计.
  • ggtree - 可视化和注释的系统树.
  • ggplot2 Extensions - ggplot2扩展显示例子.
  • lattice - 一个强大优雅的高级数据可视化系统.
  • corrplot - 图形显示相关矩阵或一般矩阵。它还包含一些矩阵重新排序算法.
  • rgl - R中3D可视化系统.
  • Cairo - 一个使用cairo组件创建高质量显示输出的R图形包.
  • extrafont - 在R中图像中使用字体的工具.
  • showtext - 让R图形设备显示文本的时候使用系统字体.
  • animation - 一个使用 ImageMagick在R中产生动画图形的工具.
  • gganimate - 用ggplot2创建简单的动画.
  • misc3d - 强大的3D绘图工具.
  • xkcd - 在图表中使用xkcd风格.
  • imager - 一个基于CImg库的图像处理包.

HTML Widgets

Packages for interactive visualizations.

Reproducible Research

Packages for literate programming.

Web Technologies and Services

Packages to surf the web.

Parallel Computing

Packages for parallel computing.

High Performance

Packages for making R faster.

  • Rcpp heart - Rcpp在R中提供了一个高效的API,使得函数更快执行.
  • Rcpp11 - Rcpp11完全重新设计,以C++11为目标.
  • compiler - 使用JIT提高R代码的速度.

Language API

Packages for other languages.

  • rJava - R语言对JAVE接口.
  • jvmr - 集成了R, Java, and Scala.
  • rJython - R语言对Python/Jython的接口.
  • rPython - 允许R调用Python.
  • runr - 在R中运行Julia和Bash.
  • RJulia - R中调用Julia.
  • RinRuby - 一个Ruby库,整合了R用Ruby解释器.
  • R.matlab - 读写mat文件,将R和Matlab连接到一起.
  • RcppOctave -Octave and Matlab的接口.
  • RSPerl - 双向接口,R中调用Perl和在Perl中调用R.
  • V8 - 嵌入JavaScript引擎.
  • htmlwidgets - R中把JavaScript数据可视化的最好方法.
  • rpy2 - Python对R的接口.

Database Management

Packages for managing data.

  • RODBC - R中ODBC数据库范围.
  • DBI - 在R和数据库管理系统之间定义一个公共的接口.
  • elastic - Elasticsearch HTTP API的包装器.
  • mongolite - R中Mongo客户端.
  • RMySQL - R语言的MySQL数据库接口.
  • ROracle - R中Oracle数据库的接口.
  • RPostgreSQL - R语言的PostgreSQL数据库系统接口.
  • RSQLite - R语言SQLite数据库接口.
  • RJDBC - 通过JDBC接口访问数据库.
  • rmongodb - R中MongoDB驱动.
  • rredis - R中Redis驱动.
  • RCassandra -Apache Cassanda直接接口(不是JAVA)，提供了最多的基本功能.
  • RHive - 通过Apache Hive的R扩展促进分布式计算.
  • RNeo4j - Neo4j图形数据库驱动.

Machine Learning

Packages for making R cleverer.

  • AnomalyDetection heart - 来自Twitter的AnomalyDetection R包.
  • ahaz - 半参数添加风险回归的正则化.
  • arules - 挖掘关联规则和频繁项集.
  • bigrf - 大随机森林:大型数据集的分类和回归森林.
  • bigRR - 广义回归(特殊是在p >> n情况下).
  • bmrm - 风险最小化方案的正规化方法.
  • Boruta - 所有相关的特征选择算法的一个封装
  • BreakoutDetection - Breakout Detection via Robust E-Statistics from Twitter.[暂时不明真相]
  • bst - 梯度增加.
  • CausalImpact - 利用贝叶斯时间序列结构模型进行因果推断.
  • C50 - C5.0决策树和基于规则的模型.
  • caret heart - 分类和回归训练.
  • Clever Algorithms For Machine Learning
  • CORElearn - 分类、回归、特征评价和排序.
  • CoxBoost - Cox models by likelihood based boosting for a single survival endpoint or competing risks.
  • Cubist - 规则和基于实例的回归建模
  • e1071 - Misc统计函数 (e1071),主要功能有类别分析、傅里叶变换,模糊聚类,支持向量机,最短路径计算,朴素贝叶斯分类器等等.
  • earth - 多元自适应回归模型.
  • elasticnet - 稀疏估计和稀疏主成分分析.
  • ElemStatLearn - 书籍"The Elements of Statistical Learning, Data Mining, Inference, and Prediction"中的数据集,函数和例子.
  • evtree - 全局最优树的进化学习.
  • forecast - 使用ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络进行时间序列预测.
  • forecastHybrid - 使用"forecast"包对ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络模型进行交叉检验.
  • FSelector - 一个基于subset-search或特性排名方法的特征选择框架.
  • frbs - 使用模糊规则系统处理分类和回归的任务.
  • GAMBoost -　　基于广义线性和加法模型.
  • gamboostLSS - GAMLSS方法的改善.
  • gbm - 改善广义线性模型.
  • glmnet heart - Lasso 和 elastic-net正规化广义线性模型.
  • glmpath - L1 Regularization Path for Generalized Linear Models and Cox Proportional Hazards Model
  • GMMBoost - 广义混合模型.
  • grplasso - Fitting user specified models with Group Lasso penalty
  • grpreg - Regularization paths for regression models with grouped covariates.
  • h2o heart - Deeplearning, Random forests, GBM, KMeans, PCA, GLM
  • hda - 异方差判别分析.
  • ipred - 预测器改进.
  • kernlab - kernlab: 基于内核学习的机器实验室.
  • klaR - 分类和可视化.
  • kohonen - 监督和非监督自组织映射.
  • lars - Least Angle Regression, Lasso and Forward Stagewise
  • lasso2 - L1 constrained estimation aka ‘lasso’
  • LiblineaR - 基于C/C++库的线性预测模型.
  • lme4 heart - Mixed-effects models
  • LogicReg - 逻辑回归模型.
  • maptree - 映射、修剪和图形树模型.
  • mboost - Model-Based Boosting
  • Machine Learning For Hackers
  • mvpart - Multivariate partitioning
  • MXNet heart - MXNet brings flexible and efficient GPU computing and state-of-art deep learning to R.
  • ncvreg - Regularization paths for SCAD- and MCP-penalized regression models
  • nnet - eed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models
  • oblique.tree - Oblique Trees for Classification Data
  • pamr - Pam: 小矩阵预测分析.
  • party - A Laboratory for Recursive Partytioning
  • partykit - A Toolkit for Recursive Partytioning
  • penalized - L1 (lasso and fused lasso) and L2 (ridge) penalized estimation in GLMs and in the Cox model
  • penalizedLDA - Penalized classification using Fisher's linear discriminant
  • penalizedSVM - 使用惩罚函数的特征选择支持向量机.
  • quantregForest - quantregForest: Quantile Regression Forests
  • randomForest - 随机森林: Breiman and Cutler's random forests for classification and regression.
  • randomForestSRC - randomForestSRC: Random Forests for Survival, Regression and Classification (RF-SRC).
  • rattle - 图形界面式的数据挖掘工具.
  • rda - Shrunken Centroids Regularized Discriminant Analysis
  • rdetools - Relevant Dimension Estimation (RDE) in Feature Spaces
  • REEMtree - Regression Trees with Random Effects for Longitudinal (Panel) Data
  • relaxo - Relaxed Lasso
  • rgenoud - R version of GENetic Optimization Using Derivatives
  • rgp - R基因编程框架.
  • Rmalschains - 使用本地文化基因算法进行连续问题优化.[这里翻译不准]. Search Chains (MA-LS-Chains) in R
  • rminer - 在分类和回归问题中简单的使用数据挖掘方法(如神经网络和支持向量机).
  • ROCR - 可视化评分分类器的性能.
  • RoughSets - 使用粗糙集和模糊粗糙集理论进行数据分析.
  • rpart - Recursive Partitioning and Regression Trees
  • RPMM - Recursively Partitioned Mixture Model
  • RSNNS - Neural Networks in R using the Stuttgart Neural Network Simulator (SNNS)
  • Rsomoclu - Parallel implementation of self-organizing maps.
  • RWeka - Weka的R接口(Weka是基于JAVA环境下开源的机器学习以及数据挖掘软件).
  • RXshrink - RXshrink: Maximum Likelihood Shrinkage via Generalized Ridge or Least Angle Regression
  • sda - Shrinkage Discriminant Analysis and CAT Score Variable Selection
  • SDDA - Stepwise Diagonal Discriminant Analysis
  • SuperLearner and subsemble - Multi-algorithm ensemble learning packages.
  • svmpath - svmpath: the SVM Path algorithm
  • tgp - Bayesian treed Gaussian process models
  • tree - 分类和回归树.
  • varSelRF - 使用随机森林进行变量选择.
  • xgboost heart - eXtreme Gradient Boosting Tree model, well known for its speed and performance.

Natural Language Processing

Packages for Natural Language Processing.

  • text2vec - 一个快速文本挖掘框架。 Fast Text Mining Framework for Vectorization and Word Embeddings.
  • tm - 一个全面的文本挖掘框架.
  • openNLP - Apache OpenNLP工具接口.
  • koRpus - 一个文本分析的R包.
  • zipfR - 词频分布统计模型.
  • NLP - 基本自然语言处理功能.
  • LDAvis - 主题模型的交互式可视化.
  • topicmodels - Topic modeling interface to the C code developed by by David M. Blei for Topic Modeling (Latent Dirichlet Allocation (LDA), and Correlated Topics Models (CTM)).
  • syuzhet - Extracts sentiment from text using three different sentiment dictionaries.
  • SnowballC - Snowball stemmers based on the C libstemmer UTF-8 library.
  • quanteda - 文本数据的定量分析.
  • Topic Models Resources - 主题模型的学习和R相关资源.
  • NLP for :cn: - NLP related resources in R. @Chinese

Bayesian

Packages for Bayesian Inference.

  • coda - 输出MCMC(马尔可夫链蒙特卡尔理论)的分析和诊断信息.
  • mcmc - 马尔可夫链蒙特卡尔理论(MCMC).
  • MCMCpack - 马尔可夫链蒙特卡尔理论 (MCMC).
  • R2WinBUGS - 在在R/S-PLUS中打开WinBUGS 和 OpenBUGS.
  • BRugs - OpenBUGS MCMC 软件的R接口.
  • rjags - JAGS MCMC组件的R接口.
  • rstan heart - Stan MCMC软件的R接口.

Optimization

Packages for Optimization.

  • minqa - Derivative-free optimization algorithms by quadratic approximation.
  • nloptr - 一个免费开源的非线性最优化程序包.
  • lpSolve - Lp_solve解决线性和整形问题的R接口.

Finance

Packages for dealing with money.

Bioinformatics

Packages for processing biological datasets.

  • Bioconductor heart - 用于分析和理解高通量基因组数据的工具.
  • genetics - 处理基因数据的R包.
  • gap - 一个人口家庭遗传数据分析的综合工具.
  • ape - 分子系统学和进化分析.
  • pheatmap - 一个使用简单的热图工具.
  • ddpcr - Analysis and visualization of Droplet Digital PCR data.

Network Analysis

Packages to construct, analyze and visualize network data.

  • Network Analysis List - 网络分析相关资源.
  • igraph heart - 一个网络分析工具集合.
  • network - 一个操作数据关系的基本工具.
  • sna - 基本的网络测量和可视化工具.
  • netdiffuseR - 网络扩散的分析工具.
  • networkDynamic - 支持动态和时序网络.
  • ndtv - 构建动画的可视化动态网络工具,支持多种数据格式.
  • statnet - 大量网络数据的分析,仿真和可视化工具.
  • ergm - 指数随机图模型.
  • latentnet - Latent position and cluster models for network objects.
  • tnet - Network measures for weighted, two-mode and longitudinal networks.
  • rgexf - 从R导出网络对象到GEXF, for manipulation with network software like Gephi or Sigma.
  • visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化.

R Development

Packages for packages.

Logging

Packages for Logging

  • futile.logger - R中类似log4j的日志记录包.
  • log4r - R中的log4j接口
  • logging - 一个在R中实现log4j的日志处理包.

Data Packages

Handy Data Packages

  • engsoccerdata - 英国和欧洲联赛结果数据(1871-2016年).
  • gapminder - 从Gapminder摘录的数据集.

Other Tools

Handy Tools for R

  • git2r - 在R中使用git.

Other Interpreters

Alternative R engines.

  • CXXR - Refactorising R into C++.
  • fastR - FastR is an implementation of the R Language in Java atop Truffle and Graal.
  • incanter - Clojure-based, R-like statistical computing and graphics environment for the JVM with Lisp spirit.
  • pqR - 一个更快的R实现.
  • renjin - 一个基于JVM的R编译器.
  • rho - Refactor the interpreter of the R language into a fully-compatible, efficient, VM for R.
  • riposte - 一个R快速编译和JIT工具.
  • RRO - R革命性开放平台(Microsoft R Open).
  • TERR - R的TIBCO企业运行环境.

Learning R

Packages for Learning R.

  • swirl - 一个在R控制台中交互式学习指南.
  • DataScienceR - 一个数据科学,神经网络,和机器学习的指南.

Resources

发现新的R资源的地方.

Websites

Books

Podcasts

Reference Cards

MOOCs

Massive open online courses.

Lists

Great resources for learning domain knowledge.

Other Awesome Lists

Contributing

一直欢迎大家的贡献!我的邮件:asxinyu@qq.com This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License - CC BY-NC-SA 4.0